对于制药企业的废水，在处理前，需要明确其成分、浓度、水量等。由于药品废水具有毒性大、污染程度深、利用率低的特点；每天监测水质的变化是非常必要的。制药企业一般包括化学合成药、中成药、制剂等。一般来说，物理、化学、生物、物理和化学等方法被用于处理。在反应之前，应调整废水，使其成分符合指定的反应。pH价值、水质等。根据实际情况，调节池采用物理或化学方法进行预处理，以减少废水中的含量SS，盐度或部分COD，减少废水中的生物抑制剂，提高废水的可降解性，有利于废水后期快速、简单、有效、完整的处理。
药品废水成分复杂，浓度高，色度重，使用传统的生化方法消耗高，效率低，容易造成二次污染，难以取悦，但影响废水不能达到标准排放。在进行厌氧或有氧反应之前，应对药物废水进行有效的预处理。破坏或降解残留的药物分子，抗生素的活性，使不可降解的大分子物质转化为容易降解的小分子物质。能使微生物进入口腔，在代谢过程中，促进废水的有效处理。因此，目前的主要问题和问题，即早期处理，使废水可降解。当然，在处理过程中，不仅使用一个或两个，而且可以全部使用。工艺设计不同，效果会非常不同，成本也不同。
在药物研发生产过程中，原辅料成分多，结构复杂，与生产废水反应COD高含量。高浓度废水不能直接处理，必须经过预处理，以满足规定的要求。有机废水的处理方法有：溶剂提取法、吸附法、生物附法、生物法、膜分离法、氧化法和焚烧法。化学合成药物废水毒性大，生化性差，属于高浓度、难降解的有机废水。应考虑预处理过程，如氧化电解膜过滤，使不稳定的成分稳定，难降解的成分易降解，大分子物质成为小分子。
化学制药工业生产过程中的废水是污染严重、难以处理的废水之一。有机物和无机盐含量高，BOD5和CODcr比值低，波动大，可生化性差。在降解处理过程中，能耗大，投资成本高。特别是对于小企业，生产过程中产生的废水，处理设备的独立建设，维护成本高，难度大，有点不合格，需要进行整改。对于大中型企业，需要严格控制废水处理工艺，能耗相对较大，可以在工艺上取得突破和创新，降低成本和效率是未来的发展趋势。
